zhanchik, по идее условия перехода вашего предприятия в другое Министерство должно быть прописано в приказе, либо каким другим документом оформлена эта процедура
Ваше предприятие - учебное заведение? Научная пенсия Вашего руководителя уже оформлена или вы переживаете за то, войдут ли периоды работы вашего руководителя под эгидой другого Министерства?
Уточните