Дії СЕС зрозумілі - СЕС працює за територіальним принципом.
Вам же вибирати в такому випадку якісь варіанти не доведеться, а робити так, як вимагає СЕС - на те вони й уповноважені затверджувати списки.
Тобто, подати списки на затвердження в СЕС того району, де по документам "числиться" Ваше підприємство.
А щодо поліклініки, в якій працівники будуть проходити медогляд - це, я думаю, Ваше керівництво повноважне вирішити з ким укласти договір на цю послугу. Санстанції до цього нема діла.
P.S.
Можливо, щось не так, не зовсім зрозуміло про які Ви райони писали? Райони в місті, чи райони в області
: