В трудовом договоре можно прописать условия труда и сослаться на ШР. Необязательно прописывать конкретную сумму оплаты в ТД, ведь для этого есть приказ и ШР.
В карте П-2 напишите сумму, которую согласует бухгалтер по ЗП. Если она будет на 5 - 10 грн отличаться от реальной выплаты - беды не случится