У меня была подобная ситуация на работе, сейчас она вроде бы разрешилась.
На работе назревал конфликт, когда я предупредила ,что беременна, конфликт очень сильно обострился (я начала себя плохо чувствовать из-а этого), и я подумывала уйти на больничные. Сейчас, когда все уже более-менее успокоилось и налаживается нормальный рабочий процесс, понимаю, что тогда погорячились и я, и директор (готовы были открывать военные действия).
В какой-то момент решила ,что все хватит: еще немножко и буду брать больничные. Но то ли мне в этом вопросе тяжело (никогда не умела толком просить, или благодарить-"взятки давать"

). Уточняла ситуацию у своего врача, в ответ получила: "мы больничный не даем, только дает больница если ложитесь на сохранение". Может ответ такой, потому что на тот момент я узнавала больше для будущего в общих тонах, но я даже не знаю, как буду получать больничный, если на работе опять доведут.
По поводу выплат: есть очень хорошая статья, в которой все подробно рассказывается.
http://www.nibu.factor.ua/golden/doc.html?id=13123
Действительно, оплата больничных листков не входит в сумму дохода, который берется для расчета выплаты по беременности и родам, но при этом в расчет не включаются и те календарные дни, когда сотрудница находилась на больничном.