Согласен с
Мотей в том, что работник не виноват, а виноват сотрудник ОК !

Вот его бы и следовало примерно наказать !!!

Что касается "компенсации" этих дней, то законных оснований "забрать" у работника эти "лишние" дни я не вижу...
Объясниться с ним и учесть при увольнении (уменьшив компенсацию) можно,
но это тоже несёт риск обращения работника в суд...
Бухгалтерии абсолютно всё равно - всё давно закрыто (причём первичные документы в порядке - есть заявления, есть приказы)...
Предприятию, по большому счёту, - тоже (убытки уже понесены...)
Вот я и думаю - к чему ворошить старое ?..

Лучше наладить учёт отпусков и не допускать ошибок в дальнейшем...