1. Попробуйте контролировать заказы 2 раза:
- при комплектовании (комплектовщик),
- при отпуске (зав. или зам.зав. складом)
Хотя бы выборочно, чтобы выяснить источник...
2. При комплектации заказа комплектовщик должен знать не только количество в заказе, но и остаток
после формирования заказа...
Тогда легче выявить ошибку на стадии комплектования...