Само название должности - "заместитель" подразумевает исполнение обязанностей руководителя при его отсутствии.
Поэтому никаких доплат за это он получать не может (это вообще-то его работа - замещать !).
А вот перекладывать обязанности зама на другого сотрудника - всё равно, что назначать командира отделения командиром полка

!
Кроме того, такие ситуации должны быть описаны не только в ДИ, но и в УСТАВЕ !