проставляйте пропуски в табеле и составляйте акт об отсутствии, направляйте его ей вместе с письмом. в любом случае, уволить вы ее пока не можете, но застраховать себя на случай, если справку ей все-таки не дадут, нужно. что-то в этом роде.
И эта тема Вам может пригодиться, думаю
http://forum.hrliga.com/showthread.php?t=7248