Только по их заявлениям (на собрание учредителей).
Протокол собрания будет основанием для издания приказа о назначениях (переводах):
зам. директора - на должность директора,
директора - на должность зам. директора.
Как писать приказ о сложении полномочий (и вступлении в должность) - уже писали... Поищите, пожалуйста