Позвольте, ребята !
На то он и штатный заместитель, чтобы замещать директора без всяких доплат и ИО...
Так что не выдумывайте: если в Уставе такая ситуация оговорена, будет зам. исполнять обязанности директора, пока та не выйдет из отпуска.
Если же в Уставе это не прописано, пропишите в приказе:
на время отпуска Ивановой К. П., директора, возложить обязанности директора на Петрова И. К., заместителя директора, с правом подписи финансовых, распорядительных и пр. документов.