Ну... во-первых, ни о каком учете в ЦЗ речи быть не может если он у вас по совместительству работает...
И потом, как вы сами рассудите, кто он теперь?
Когда у него было 2 работы то все ясно - на одной он основной, у вас - совместитель (без трудовой), а теперь, в связи с увольнением его трудовая у него на руках, т.е. мест работы у него осталось одно.
Не проще ли оформить его на основное, на приемлимых для всех условиях? Полставки, или неполный рабочий день (неделя)?
Ведь он все равно занимает у вас штатную должность...
О последствиях не буду напрягаться, у знакомого в суде был трудовой спор, когда работник настаивал на смене статуса совместителя на основного при похожих на ваши обстоятельствах...
Суд удовлетворил просьбу работника.