У нас была таже проблема в отдаленных подразделениях. В головном офисе порядок навели почти сразу, а с ними были проблемы.
Решили:
Мы купили електронную систему учета рабочего времени, т.е. по отпечаткам пальцев. Раз в месяц выезжает наш сотрудник и вводит новых сотрудников или убирает тех кто уволен, ключ находится у нас в головном офисе и мы видим кто когда ушел или кто когда пришел на работу. Довольно удобно!!

!