С данным решением по конкретному примеру согласна, хотя и непонятно, так поступать правильно или так поступать удобно (учитывая что 3 и 4 мая у данного работника выходные по графику работы).

А Пример №2?
этот же сотрудник берет часть ежегодного отпуска длительностью 6 дней: с 1 по 6 мая. Его рабочие смены по графику: 1, 2, 5, 6 мая. Предоставить отпуск длительностью 4 дня без учета праздников? но ведь 1, 2 мая он бы работал в графике. Всё-таки нужно предоставлять на 6 дней?

Как вариант - предоставляем отпуск длительностью 4 дня (с 1 по 6 мая без учета 1,2 мая). Вопрос - зачем было начинать отпуск с праздничных дней? Ответ - потому что 1,2 мая были у данного человека рабочими. И он хочет их гулять не за свой счет, а в счет оплачиваемого ежегодного отпуска.
Усложним.
1, 2 мая мало того что рабочие дни по графику, они еще и выпадают на середину ежегодного отпуска.

Поймите, что я имею: недовольных людей которые косятся друг на друга (работа посменная и по количеству одинаковая у всех, а отпуск кому-то дают на 2-3 дня больше чем другим) плюс собственное непонимание ситуации.
И я сижу и думаю, может это и правда черная дыра в законодательстве?