Не знаю) Я обычно веду учет на крупных ООО

Но до недавнего времени работала в такой развернутой рознице, где были и несколько ООО, и очень много ФЛП. Проверки по ФЛП требовали у нас и книгу учета трудовых книжек, и сами трудовые

Как говорится, факт.
Я думаю, что если ФОП ТК у себя все же не хранит, то и заводиться с журналами смысла не вижу. Это ведь журнал учета, то есть, подразумевается некая ответственность за эти книжки. А если книжек фактически у ФОПа нет - то что учитывать и за что отвечать?