Существует несколько разъяснений Минсоцполитики по случаю "двойного декрета":
https://hrliga.com/index.php?module=...op=view&id=821
https://hrliga.com/index.php?module=...op=view&id=603
https://hrliga.com/index.php?module=...op=view&id=387
Общий смысл такой: предоставление одновременно 2 отпусков работнику законодательством не предусмотрено. Поэтому отпуск по беременности и родам не оформляется, просто оплачивается больничный, а отпуск по уходу за вторым ребенком оформляется со дня, следующего за днем исполнения первому ребенку трех лет. Вот тогда, в декабре, у отдела кадров и должен возникнуть вопрос, что с Вами делать дальше.