Вони нічним не відрізняються.
Робота на основному місці і робота внутрішнім сумісником - це два абсолютно окремі трудові договори, і, відповідно, два абсолютно різні накази (окремі накази навіть у тому випадку, коли працівник одночасно йде у відпустку і там, і там).
Працівник може використовувати ці відпустки як одночасно, так і окремо, тобто перебуваючи, наприклад, у відпустці як основний працівник, у той же час продовжувати працювати за сумісництвом (за виключенням працівників державних підприємств, яким у відповідності з пунктом 3
Положення № 245 відпустка на роботі за сумісництвом надається одночасно з відпусткою за основним місцем роботи.