Цитата:
	
	
		| 
					Сообщение от In-s  Сотрудник работал начальником отдела. В сентябре его назначили и.о. главного инженера. | 
	
 Должность  главного инженера на тот момент была вакантной? 
Если да, то вы не имели права назначать и.о. на вакантную должность.
А вот возложить приказом на начальника отдела временное исполнение обязанностей временно отсутствующего  главного инженера имели полное право.
	Цитата:
	
	
		| 
					Сообщение от In-s  Теперь нам нужно перевести его на постоянную должность главного инженера (без и.о.). Как это правильно оформить? | 
	
 А в приказе было указано, что он назначается на должность  главного инженера временно? И что вообще было написано в том приказе, вы можете процитировать?
	Цитата:
	
	
		| 
					Сообщение от In-s  Приказом о переводе? С должности начальника отдела или с и.о. главного инженера? | 
	
 А что, у вас есть в штатном расписании такая должность, как и.о. главного инженера?
Если должность главного инженера была вакантной, то  перепишите приказ, убрав оттуда и.о., и автоматически все станет на свои места