Если Вы в сотруднике заинтересованы и все равно за прогулы не уволите и он, и Вы это знаете, зачем тогда вообще протоколируете прогулы??

Пусть тогда берет день за свой счет или в счет ежегодного опл.отпуска

Можно и за один прогул уволить,а можно и не увольнять:это право и добрая воля работодателя.