ПОРЯДОК
Індексації підлягають грошові доходи громадян, одержані в гривнях на території України, які не мають разового характеру:
грошове забезпечення військовослужбовців, осіб рядового і начальницького складу, посадових осіб митної служби;
Индексация положена, но необходимо учесть изменение дохода (12 мая 2015 года) Вашего супруга и соответственно изменение базового месяца. Соответственно он должен получать фиксированную сумму индексации (разницу между суммой индексации на момент повышения тарифного оклада и собственно тарифного оклада). В дальнейшем к этой сумме добавится сума индексации рассчитанная с нуля (базового месяца) - если будет индекс. Почитайте Додаток 4 ПОРЯДКА (там пример).
Таким образом ваш супруг должен на данный момент получать фиксированную сумму индексации.
ИМХО
П.С. - есть нюанс с финансированием, если бюджетное, то порядок отдельно определяется КМУ (сроки, обьемы....)