zolotyshka, если Ваш сотрудник работал по бессрочному ТД то каким образом возможен перевод на работу по контракту, т.е на срочный ТД? Увольняйте его по п.5 ст.36(если у Вас обособленное структурное подразделение) или ст.38, п.1 ст 36, а прием в Вашей вышестоящей организации оформят. И соответствующие записи в ТК.
Посмотрите:
http://forum.hrliga.com/showthread.php?t=9670