Кража заключается
в тайном похищении чужого имущества, а не в взятии ключей, к которым якобы имеет доступ только зам, но которые берут все, кому не лень, да ещё при трёх свидетелях (сотрудниках)
Тем более, ключи, вернули, так как потеря ключей потерпевшим всё же не была обнаружена, он узнал об этом только со слов свидетелей, отсутствует состав преступления кражи.
Если бы всё же ключи были похищены тайно (зашла в личный кабинет замам и взяла с его стола) и тому были прямые материальные доказательства и в суде будет доказан состав преступления кражи (+ ещё много "если"), то максимум что можно было вменить виновнику в данной ситуации, это мелкое хищение чужого имущества, а за это предусматривается не уголовная, а административная ответственность по ст. 51 КУАП.