Я, может быть, выскажу крамольную мысль, но я считаю, что приказ в данном случае вообще не нужен, т.к. трудовой договор уже прекращен, независимо от того, издаст собственник приказ об этом или нет. Человека нет, значит нет и трудовых отношений с ним.
Но, поскольку без приказа - никак, и для записи в т.к. он нужен, то я тоже придерживаюсь мнения, что "прекратить трудовой договор" - единственный вариант.