Вопрос, конечно, требует детальной проработки и решить его, зная все местные нормативные документы, можете только Вы
.
Но попробую Вам навскидку подкинуть свои идеи - может какая-то и натолкнет Вас на решение проблемы вцелом.
1. Разделить персонал на тех, кто никогда не принимает участие в субботних и воскресных работах, кто постоянно занят и кто занят эпизодически.
2. Для тех, кто постоянно занят выделить в ПВТР отдельно -типа "ремонтный персонал....тра-та-та."
3. Вести для них суммированный учет и разработать графики работы.
4. Учетный период - сами решайте, но может стоит сделать квартал, а может и месяц.
Все это, естесственно, оформить с соблюдением КЗоТа (внести изменения в ПВТР, заранее предупредить и тд.)