Если я все правильно поняла и ваше научно-исследовательское заведение поменяло всего лишь собственника - то ничего вашему руководителю не угрожает при перерасчете пенсии
За отсутствие возможных проволочек на местах, т.е. в ПФ, вам никто гарантию не даст. Вооружайте на всяк случай вашего руководителя всеми документами (тобишь: приказ о смене собственника, Законом о научной и научно-технической деятельностью) и вперед на переоформление