А мне в принципе не понятно, каким это боком непосредственный руководитель к "трем окладам". Этот человек курирует в компании вопросы, связанные с распределением фонда зп?
Если эти вопросы не входят в его компетенцию - смело увольняйте, если директор, зачеркнув визу начальника, поставил свою. Мало ли чего написано. Оно ж не директором писано. А может увольняемый со своим непосредственным начальником сговорились? Мы же не знаем.