Согласна с коллегами – оптимальный вариант увольнение по переводу.
http://forum.hrliga.com/showthread.php?t=8983
Где у Вас хранятся трудовые книжки и в чьи полномочия входит ведения их работникам филиала или ГО?
Код предприятий разный?
Как Вы будете сдавать персонификацию и другую отчетность? Численность работников у Вас будет сходится если Вы будете просто переводить из ГО в филиалы без увольнений?