1. Кто подписывает, того и должность...
Если он - ИО директора, то пусть так и подписывается !
Но если приказ касается его (главного инженера) направления работы, тогда - гл. инженер !
2. Если же ИО подписывает договор (если ему такое право ДАНО приказом), то так и надо писать "
ИО директора, действующего на основании приказа №... от ... "