А какое основание было для назначения надбавки? Бюджет ФОТ? - тогда это скорее постоянная выплата ...
Надо по хорошему разобраться, ведь могут быть документы, являющиеся основанием для надбавок (в которых может быть прописано что, как и почему

) и для индексаций. - Там же должно быть и об основаниях для пересчета з/п.
А весь бюджет ФОТ нельзя сразу проиндексировать?

И снять этим все мелкие разногласия )))
Важно вот что: надбавка это не часть оклада. А индексируется скорее все-таки оклад ... Как базовая выплата, от которой считаются все остальные (в процентах или еще как-то - среднемесячно, ...)
P.S. По идее у Вас в штате должен быть юрист ... и это его задача.