Как спасти ситуацию с зарплатой и налогами?
 

Если сотрудники работали неполное время, это нужно было указать в приказе о приеме на работу, т.е. не 40 часов в неделю, а 20, например.

у ФОП нет приказов, был трудовой договор, и по незнанию указали 40часов. И дополнение к трудовому договору нереально оформить задним числом... Есть ли выход?

Почему у ФОП нет приказов? Насколько я помню, кадровое делопроизводство у ФОП ведется так, как и у других юр.лиц.
Если у Вас работник в отпуск захочет пойти - Вы как его отпустите без заявления и приказа?

Найдите в нужной Вам организации вменяемого человека и проговорите ему свою проблему. Пусть он Вам ПОМОЖЕТ (сделать документы как нужно для Вас или переделать/доделать/исправить), а Вы ему скажите СПАСИБО.;)

А можно ставить прогулы за эти дни работникам? Это как-то регулируется? Со стороны сотрудников возражений никаких не будет...

Конечно регулируется - Законом Украины "О прогулах" :)
а если серьезно - то можно, только объяснительные с них не забудьте взять

А не вызывет ли подозрение, что прогулы через каждые 3дня на протяжении 3-4месяцев? Т.е., три дня человек работал, потом 3дня отгулы, и т.п.

Люди добрые, как же исправить ситуацию? Я так понимаю, что варианты следующие:
1) доначислить з/п со всеми вытекающими последствиями (уточненки по отчетам, штрафы и т.п.). Хотя, сотрудники действительно по факту работали 3дня через 3, и получалась неполная рабочая неделя, не 40часов, а 20часов;
2) договориться с кем-то из центра занятости, составить дополнительное соглашение к трудовому договору с 20-часовой рабочей неделей. Хотя, я сомневаюсь что кто-то на это пойдет, там ведь журналы регистрации и все такое...;
3) поставить прогулы или написать заявления сотрудниками по собственному желанию. Вот только вызывает сомнения, имеют ли право на существование такие заявления у ФОП-единщика...
Будьте добры, подскажите:cry:

Ну и что?! Пусть лучше подозрение, чем обвинение в уклонении от уплаты налогов!

Для того, чтобы определить, правильно ли Вы поступаете (не только в этой ситуации, но и в других подобных), нужно ответить на вопрос: какими нормативными актами регулируются трудовые отношения между СПД и наемным работником.

Регулируются они в Украине трудовым законодательством ( в первую очередь - Кодексом законов о труде), независимо от формы собственности предприятия. Единственное отличие в работе СПД от других юр.лиц - трудовые договора регистрируются в службе занятости. Все остальное точно так, как везде.

Это значит, что и приказы о приеме на работу издавать нужно, и журнал регистрации трудовых книжек нужно вести, и штатное расписание нужно составлять и зарплата начисляется на основании ТАБЕЛЯ, который составлять нужно. И менять режим и продолжительность работы менять МОЖНО, но не нарушая законодательство.
Посмотрим КЗоТ Украины, раздел "Робосий час", ст.56 "Неповний робочий час" " За угодою між працівником і власником або уповноваженим ним органом може встановлюватись як при прийнятті на роботу, так і згодом неповний робочий день або неповний робочий тиждень...
Оплата праці в цих випадках провадиться пропорціонально відпрацьованому часу або залежно від виробітку..."

Что сделала бы я в Вашей ситуации:

1. Попросила работников написать заявления с просьбой установить неполную рабочую неделю, в связи с семейными обстоятельствами.
2. Издала приказы об установлении неполной рабочей недели с оплатой пропорционально отработанному времени, ознакомила с ними работников
3. Сделала бы табеля учета рабочего времени с указанием реально отработанного времени
4.Выплатила зарплату на основании этих табелей