У нас менеджер не выполняет свои должностные обязанности. Ему предлагают уволиться по собственному желанию, но он не хочет. Получается, что мы в принципе не можем его и уволить?

Якщо ваша організація виконує, як роботодавець, свої обов'язки стосовно найманих працівників, то, "в принципі", звільнити "нерадивого" працівника, ви можете.

По ст.40 п.3? Применить к нему взыскание и на основании этого уволить? А в приказе, что писать? "За невыполнение должностных обязанностей"?

Дивись мої відповіді вище.
Якщо не зрозуміло, то почитайте Науково-практичний коментар до законодавства України про працю. Цьому питанню в Коментарі присвячено 2 сторінки дрібним шрифтом, також є посилання на інші нормативні акти. Переписувати те все для вас немає часу.

Увольнение
 

После дикрета Р. уволилась по ст.38, а на ее место приняли на период дикрета Н., после увольнения Р. нужно писать приказ о переводе Н. на постояное , потому,что в приказе указано Н. принята на периода дикрета.

А через який час після виходу з декрета Р. звільнилася?

я прошу прощения,..
а Вы можете более четко сформулировать мысль? я, например, не совсем понимаю, что именно Вас интересует :)

кого именно????

1.ПЕРЕВЕСТИ:
1.1 Іванову А.А. на посаду секретаря, постійно, з 01.01.2008 року, у зв*язку зі звільненням Петрової А.А. з посадовим окладом згідно зі штатним розписом (або зі збереженням посадового окладу чи раніше встановлених надбавок).
Підстава: заява Іванової А.А. від 31.12.2007 р.

В трудовій:
01.01.2008 Продовжити трудові відносини (або трудовий договір, трудову угоду, контракт....) на посаді секретаря Наказ №...

Оскільки ви працівника нікуди не переводите, а він залишається працювати на тій самій посаді і у тому ж підрозділі, то не "перевести", а вважати такою, що працює постійно на посаді...... (якщо є необхідність у такому наказі).
Записи про тимчасовий характер роботи та продовження терміну дії строкового договору/контракту до трудової книжки не вносять. :!: