Что значит "предприятие уже не ведет свою деятельность"?
Весь персонал уволен, счета закрыты, и предприятие ликвидировано?
Или работники уволены, директор остался, но предприятие не функционирует и пребывает в состоянии анабиоза?
Кто и каким образом обнаружил ошибку?

Добрый день, отвечаю: предприятие не ликвидировано, директор есть, нет хозяйственной деятельности, сотрудники уволены по первеоду на другое предприятие. Ошибку обнаружили сами, обратились в фонд "Как быть?", гл. бухгалтер фонда порекомендовала обратиться к сотруднице , которой было переплачено, пусть она перечислит разницу на хоз счет предприятия, а мы уже в фонд. Соответсвенно, проверка, выписка админ. штафа, пеня, 1% от суммы.

А сама сотрудница не против вернуть разницу? Пусть бы она и перечислила разницу непосредственно на счет ФСС. там же сумма то наверняка копеечная!

нет не против, нет , только со счета предприятия, перекидываются деньги на счет предприятия от фонда и затем сотруднице. Сумма небольшая.

Но в обратном порядке можно все сделать и минуя счет предприятия, верно?
И главное - неважно, в каком порядке, главное, что нет ущерба для ФФС - нет и вопросов

А а почему проверка-то? Вы же сами выявили ошибку. Была подобная ситуация, написали письмо в фонд, приложили расчет, сотрудница внесла в кассу деньги, перечислили со счета предприятия переплату и отдельно - пеню.
И сомневаюсь, что можно миновать в данном случае счет предприятия, т.к. фактически - переплачено было именно предприятию, а не сотруднице.

Без предприятия нельзя, фонд перечислял деньги предприятию, значит предприятие и должно вернуть.

Если перечислит работница, фонд "потеряет" денежку и будет штормить предприятие. Не спрашивайте как потеряет, они умеют.

почему проверка? по-моему мнению нет повода лучше для проверки, чем ошибка, не важно, кто ее нашел. Админ. штраф был больше , чем сумма переплаты)

Расскажу я вам такую историю: один наш с вами коллега год назад по простоте душевной прозевал и не подал своевременно отчет 5-ПН...
И стал он угрызениями совести мучаться: что делать?!
Подать с опозданием - штраф накликать...
Совсем не подавать - а вдруг потом обнаружится - стыдоба то какая будет, да и совесть мучает!
И вот думал он, страдал, волновался, а отчеты эти вдруг взяли, и упразднили...
Мораль додумайте сами :)

Две разные структуры и на моем опыте , в крайней ситуции, с центром занятости можно договориться , непосредственно с инспектором, ну так получилось, ну одна ошибка по простоте душевной)))