если я в тале ставлю "К" - командировка, как посчитать всего отработано дней - в ноябре 21 раб. день из них 3 дня командировка - получается 18 или ставить 21 ?

18 рабочих
3 командировочных

и отработанные часы соответственно за 18 дней?

именно так, рабочие в часы соответствии с графиком за 18 дней

Працівник оформив щорічну відпустку на 24 дні. Колега, яка оформляє відрядження, не була вкурсі, що працівник у відпустці і "послала" його у кілька відряджень на цей період.
Получилася накладка....
Підкажіть будь ласка, чи може працівник їхати у відрядження, перебуваючи у відпустці?

Ні, не може.
Єдиний вихід - прийняти цього працівника за сумісництвом і тоді можна буде направити його у відрядження під час відпустки за основним місцем роботи. Але посада у сумісника має бути інша