Рассчитать за фактически отработанное время + компенсация неиспользованного отпуска. По больничному рассчитаетесь, когда, собственно, будет предъявлен документ. БЛ работник может предоставить в течение 12 месяцев, так что:pardon:

добрый день. "чинним законодавством не заборонене звільнення працівника в період тимчасової непрацездатності за власним бажанням (ст. 38 КЗпП)." а "за угодою сторін" можно звільнити в період лікарняного?

Можливо, але не бажано.
Слід уникати звільнень під час лікарняного.