"Совмещать функционально должности и начальника и зама, можно, конечно, но проблематично, как морально, так и физически, особенно, если это замещение связано с уходом начальника в отпуск (не на 2 дня)"
Так вы ж сами написали, что это прописано у него в должностной инструкции, вот и следуйте ей.
Andry абсолютно прав...изначально в своем заявлении на отпуск начальник назначает и.о. своего зама на период своего отпуска и так же в заявлении...
Насчет полномочий подписи издайте приказ "про надання повноважень підпису"