Инициированный контрагентом номер регистрировать по нумерации,как это делается со входящими. Мол, ваш договор зарегистрирован под таким то номером. Может так? В принципе, Тришка то же самое написала. Я немного адаптировала применительно к регистрации документооборота.

Зачем так сложно?
У договора нет входящих и исходящих номеров.
Номер должен быть один.
С такой нумерацией бухгалтерия никогда налоговые и накладные не сведет в одну кучу.

Как писали коллеги выше, обычно договору присваивается N в соответствии с порядком, действующим на предприятии - инициаторе сделки. Но, в связи с внедрением систем электронного документооборота, автоматизации договорной деятельности в рамках IRP-систем, CRM-систем, каждая сторона по договору, как правило, должна после подписания присвоить ему номер и обеспечить его внутреннюю регистрацию. В компаниях, где договоров тысячи, стараются исключить проставление N контрагента на договоре, тк физически отследить, какой же N присвоил контрагент, становится невозможным. Особенно актуально для госстурктур.
Варианты:
- включить в текст договора следующего условия: «Стороны под номером договора понимают регистрационный номер договора Исполнителя. Именно этот N указывают в счетах;
- если поступает договор, которому уже присвоен номер одной стороны/ контрагента, то вторая сторона, проведя свою внутреннюю регистрацию, указывает "свой" N на оборотной стороне последнего листа договора. В этом случае N договора будет считаться только присвоенный контрагентом и указанный на первой странице договора.