В том-то и дело, что не много, но есть.
И все же куда Вы регистрируете приказы на отпуск без сохранения з\п?

Все отпуска в одном журнале.
Когда-то давно, когда были командировки, регистрировали их в Журнале регистрации приказов директора по административно-хозяйственным вопросам.

Ну а как быть с тем, что приказы на отпуск без сохранения з\п и основных хранятся разное количество лет?

Мы ставим в номенклатуре 75 лет хранения на все отпуска, потому что заводить журналы на каждые 10 приказов каждого вида, муторно.

Вот и я о том же. А если отпуска храните 75 лет, зачем тогда их отделяете от приказов по личному составу? Извините за любопытство.

Для удобства, отпуска отдельно, личный состав отдельно.

Часто нужно делать копии приказов, для справок с места работы, и чтобы не теряться в отпусках, которых у нас по 1-2 дня за год прилично набирается.

Скорее всего, это наша "организованность" влияет на формирование дел. Проще полистать книгу приказов, чем получить доступ к личному делу.

Правильно ли я понимаю, что никаких строгих правил по регистрации приказов нет и я могу делать так, как мне удобно?

Нету строгого классификатора.
Только Перелик со сроками хранения документов. Мы по нему и ориентируемся, и то адаптируем под себя.
По логике: хранить дольше не запрещено, главное чтобы не меньше указанного.