То есть, можно сделать вывод, что в каждом конкретном случае Вы поступаете сообразно обстоятельствам.
Я почему-то подумала, что это совместительство в двух юрлицах одной компании
Явление очень нередкое на сегодняшний день. Когда один кадровик ведет несколько предприятий, объединенных под одним брендом, например.
А если это "посторонний" совместитель, то Andry совершенно прав: Вы не принимали у него трудовую книжку, соответственно, и записи делать не можете. И если ему недостаточно справки, пусть обращается по основному месту работы