В любом случае, при проверке налоговыми органами командировка сверх предельно допустимых сроков будет считаться нарушением и на руководителя и ГБ будут наложены штрафные санкции, сумма излишне начисленных сумм отнесены за счет прибыли и сняты с валовых расходов. Кроме того, это повлечет за собой признание завышения себестоимости продукции(услуг), штраф и пр...
Но, по-большому счету, это уже проблема бухгалтерии