Нет в законодательстве примеров, когда можно или нельзя увольнять по соглашению. Все варианты не опишешь
.
Также, нет запрета, увольняться/увольнять по другой статье, если работник принят по СТД.
Нужно руководствоваться логикой, которой, видимо, у ваших бухгалтеров нет.
Например, если СТД на три года, то это не значит что работник в "рабстве" на три года и не может уволиться по другой статье раньше окончания срока ТД.
При приеме в ТК не нужно было писать "по срочному трудовому договору".
Есть КЗоТ, в нем причины увольнения, без каких либо оговорок.