"В марте у меня повысилась надбавка за выслугу лет, а в мае (как объясняет бухгалтерия) из-за этого индексация мне не положена"
вам просто не правильно обьяснили,
если размер повышения з/п (в вашем случае ее части - надбавки) превышает сумму индексации тогда она не проводится, но если индексация в сумме больше, тоггда базовым месяцем остается предыдущий!!!!
