Мне кажется, что в любом случае нужно составить документ о том, какую сумму и в какие сроки должен вернуть сотрудник. Возможно наложить какое-то наказание. Если он взял эти деньги, а потом об этом уведомил-это непорядочно, как минимум, и в какой-то мере приравнивается к воровству. Неизвестно как он поведет себя дальше
Он ведь мог вначале пообщаться с руководителем на эту тему и я не думаю, что ему бы отказали, тем более что он на хорошем счету. Я бы не хотела оставлять такого сотрудника на работе, но это мое мнение