Во-первых, изменения к ПТВР в одностороннем порядке от администрации не вносятся. Надеюсь, Вы это понимаете. Должен быть протокол собрания трудового коллектива или заседания первичной профсоюзной организации.
Во-вторых, упомянутые доп.соглашения с работниками, если я всё правильно поняла, предполагают наличие письменных трудовых договоров. Они есть?
В-третьих, разъяснение, это всё-таки чьё-то личное мнение, которое не является НПА. Описанный Вами порядок введения изменений существенных условий труда не прописан в КЗоТе. И сослаться на него, в случае претензий от проверяющих органов, не получится.
В-четвертых, если Ваш руководитель понимает полноту ответственности и возможные финансовые последствия...
решение за ним, может, и так сойдёт