По перше, мова йдеться про строк позивної давності
А по друге - якщо я вірно розумію, то тут не за прогул відповідати прийдеться (за прогул лише до дисциплінарної відповідальності можна притягнути), а за те, що приховали факт прогулу і, шляхом внесення завідомо неправдивих відомостей у табель обліку робочого часу, ввели державу в оману, змусивши оплатити цей час, як робочий, а це вже відповідальність кримінальна