Ух ты... аж три года... и в Уставе предприятия руководителем обозначен тоже и.о.?
Нет такой должности "и.о. директора", как на ЭТО умудрились назначить работника?
Аргумент один: действующим законодательством не предусмотрено исполнение обязанностей на вакантной должности. Исполнять обязанности можно только временно отсутствующего работника, на вакантной должности - невозможно.
Нормативный документ по этому вопросу только один, и ему сто лет в обед))) Но он действующий:
роз'яснення Держкомпраці СРСР і Секретаріату ВЦРПС «Про порядок оплати тимчасового замісництва» від 29.12.65 р. № 30/39.
Вы совершенно правильно забили тревогу, ситуацию с и.о. директора надо срочно исправлять