[eloissa]

Если рассуждать логически: у работника оформлен отпуск - как можно считать его отсутствие прогулом?)
Недостаточно просто выяснить, что человек жив-здоров, необходимо еще встретиться с ним воочию, ознакомить его с актами о прогулах под подпись и потребовать письменные пояснения по поводу его отсутствия на работе. Только при соблюдении данных условий длительное отсутствие работника без уважительной причины может быть классифицировано как прогул. Тем более, что в Вашем случае существуют дополнительные обстоятельства (перемещение предприятия).
Поэтому, если удастся разыскать сотрудника, ситуацию нужно решить путем мирных переговоров... Увольнение за прогул - это всегда повод для трудового спора, и в данном случае, у работника на руках серьезные козыри