Светлана !
Никакому, даже самому генеральному, директору не доплачивают за то, что он исполняет свои обязанности сам, без заместителя.
А заместитель исполняет обязанности ген. дира при отсутствии последнего.
Поэтому о какой доплате может идти речь ?
Если уж так хотите потешить главбушку, установите временно (пока нет зама) ей надбавку "за интенсивность работы", что ли...
