Если у Вас не государственная компания - составляйте оргштатную структуру как Вам будет удобнее...
Потому как нет неправильных вариантов...
Я стараюсь пользоваться такими определениями:
отдел - подразделение с плоской системой управления (начальник и специалисты), при большой структуре в отдел могут входить участки, группы или службы руководимые мастерами или старшими специалистами
Департамент или Дирекция - подразделение, в структуре которого находятся более мелкие подразделения (как правило это отделы)
А то, сколько каких подразделений должно или не должно входить в более крупное подразделение - не то, над чем стоило бы вообще заморачиваться
