Водитель не может быть материально ответственным - ну не входит его должность (профессия, работа) в соответствующие списки
Доказать кражу ДТ практически невозможно - поверьте бывшему работнику транспортной компании :-D
Увольняйте за что-то другое...
А вот выходные выплаты постарайтесь поставить в зависимость от возмещения ущерба