В итоге, после выяснения обстоятельств могу ответить.
Выходить на работу и "отсиживать" положенные 8 часов или находиться дома до окончания расследования? - Выходить на работу и отсиживать положеные 8 часов или сидеть дома по личной договоренности с руководством. Официально они не должны присутствовать на рабочем месте только если их арестовали.
Что ставить в табеле? - В табеле ставится обычное рабочее время.
Оплачивается ли это время, если вина или невиновность пока не доказана? - Оплачивается. Даже если вина доказана это время оплачивается, так как все вычеты из заработной платы могут проводиться только после проведения расследования и доказательства вины.