Я бы советовала привести данныне табеля в соответствие с приказами и нормативными документами. Если Вы говорите, что командировки бывают часто, значит работники часто бывают за пределами основного места работы. Не дай Бог, что-нибудь случится в дороге (или с ним или по его вине), а у вас он "ходит на работу". Я бы не смогла спать спокойно в этой ситуации. Может я "перестраховщица" но с ребятами из прокуратуры не жажду общения.
То же самое касается и "денежной стороны вопроса". Если вас налоговики еще не проверяли "с пристрастием" - значит Вам повезло.
Не знаю тонкостей оплаты труда у Вас, но иногда оплата по-среднему может быть выше оплаты по окладу, и не факт, что кто-нибуть из работников не решит в судебном порядке "востановить справедливость"